العقم الذاتي أو ما يسمى بعدم التوافق الذاتي والأسباب تعود إلى :
أ ـ عوامل وراثية :
1- الاختلاف في أنواع الكروموسومات لاختلاف محتويات الجينات عندما يحصل التهجين .
2- اختلاف النباتات في شكلها الظاهري مثل نباتات تمتلك أزهار ذات أقلام صغيره بينما تكون الأعضاء الذكرية مرتفعة المتوك . وقد وجد بأن التلقيح الخلطي لا يحصل إلا بين الأعضاء المتشابهة في الطول ويتحكم في
ذلك جينات .
ب ـ عوامل فسيولوجية :
1- توقف نمو الأنبوبة اللقاحية أو منع تطور تكوينها داخل القلم .
2- عدم قدرة حبوب اللقاح أو البويضات على القيام بعملها الوظيفي لإتمام الإخصاب بسبب نقص أو خلل في تكوين أعضائها التناسلية .
ويمكن التغلب على العقم الذاتي إما باستخدام الطفرات الصناعية والتلقيح في نهاية موسم الأزهار او عن طريق التهجين او التلقيح البرعمي
